История Кубанского речного пароходства началась в 1858 году, когда Черноморское казачье войско заказало в Англии пароход и баржу для судоходства по реке Кубани. Спустя год корабли совершили первый рейс — от Темрюка до ст. Тифлисской.

Из объединения нескольких небольших пароходств к 1900 году выросло акционерное общество, которое было национализировано в 1920 году. В 20-е, 40-е и 60-е годы Кубанское речное пароходство объединялось с Волго-Донским, но неизменно затем вновь отделялось — для удобства решения именно региональных задач.

В 1990 году объем перевозок по реке Кубани вырос до 10,5 млн тонн. Кроме погрузочно-разгрузочных работ и перевозки речным транспортом пароходство традиционно занимается и добычей нерудных строительных материалов.

Обладая собственными причалами с портальными кранами, мощным транспортным флотом и спецтехникой для добычи песка, предприятие обеспечивало нерудными строительными материалами практически весь строительный комплекс Краснодарского края, строило жилые дома, общежития, профтехучилища, детские сады и другие социальные объекты.

Преодолев период рыночных преобразований и экономического спада, Кубанское речное пароходство, в 1993 году стало открытым акционерным обществом. С 2002 по 2017 годы общество, наряду с крупными предприятиями водного транспорта юга России, входило в группу компаний «Азово —Донское пароходство».

Благодаря наличию земельных участков в историческом центре Краснодара, с 2005 года Кубанское речное пароходство вело девелоперскую деятельность, осуществляя услуги застройщика-заказчика и реализацию жилой и нежилой недвижимости. В 2018 году предприятие завершило строительство жилого комплекса «Адмирал» по ул. Кубанская Набережная в г. Краснодаре.

В настоящее время обществом ведется разработка плана по выносу речного порта с ул. им. Вишняковой за пределы города Краснодара и комплексной застройке территории многоэтажными жилыми домами с элементами транспортной, инженерной и социальной инфраструктур.